Готовый борщ хранят при температуре от +2 до +4 °C не дольше двух-трёх суток. Роскачество советует после приготовления быстро охладить суп: не оставлять его при комнатной температуре более чем на два часа, а большую кастрюлю разделить на небольшие порции и разложить по чистым ёмкостям с крышками. Если съесть борщ за несколько дней не получится, его можно заморозить. При этом проверять безопасность супа только по виду и запаху нельзя. Кислый запах, пузырьки, пена, слизь или плесень — признаки порчи, но их отсутствие не гарантирует, что продукт безопасен: некоторые патогены не меняют его вкус и внешний вид. Подозрительный борщ пробовать нельзя. Повторное кипячение не всегда устраняет риски, если продукт уже испортился. Если срок хранения превышен или неизвестно, соблюдался ли температурный режим, от блюда следует отказаться.
